潔凈室設計首先要了解所設計的潔凈室凈化工程的目的、用途和生產工藝特點，比如設計IC生產的潔凈室凈化工程。首先要明確產品特點，——集成，外形尺寸，生產工藝特點；潔凈室凈化工程的要求——空氣潔凈度等級、溫濕度及其控制范圍、防微振、防靜電及高純度物質的供應要求等。其次，要充分了解業主要采用的生產工藝、工藝設備和工藝布置的思路。之后設計師要配合業主確定潔凈車間各功能區的規劃，確定各生產工序(房間)的空氣潔凈度等級和各種控制參數——溫度、相對濕度、壓差、微振動、高純物質純度、雜質含量；選擇潔凈室凈化工程的氣流組織，估算凈化空調系統的初始步驟并比較確定設計方案；制定潔凈廠房的平面布局和空間布局。這時首先要安排好產品生產區和個體生產輔助區的電力公用區的合理布局。通常是符合產品生產工藝的硫磺工藝，在保證產品生產環保要求的情況下，有利于產品生產的操作和管理，有利于節約能源，降低生產成本。潔凈室凈化工程的布局必須符合國家現行有關安全生產、消防、環境保護和職業衛生的規定要求；在潔凈室凈化工程的布置中，要充分考慮人流和物流的安排，盡量做到短、快、暢。在空間設計上，應分別考慮潔凈室凈化工程中的產品生產流程和各種管道、物流、運輸的合理安排。在確定潔凈廠房的平面和空間布局后，對所涉及的各專業提出了潔凈室凈化工程的設計內容、技術要求和設計中應注意的相關問題。潔凈室凈化工程設計是由相關專業綜合完成的設計技術。它類似于一般的工業廠房設計，但也有自己的特點。其主要特點如下：(1)根據潔凈室中將要生產的產品的類別、品種或用途，確定所設計的潔凈室凈化工程的控制對象和技術要求。比如生物潔凈室凈化項目，控制對象是空氣中的塵粒和微生物；不同產品或用途的生物潔凈室凈化項目，不問對空氣潔凈度等級的要求，空氣中所含微生物的種類和濃度，壓差等。再比如IC生產的潔凈室凈化工程，其控制對象主要是空氣中的塵粒；根據集成電路的特征尺寸和集成度，對空氣潔凈度等級、抗微振動、高純度物質等的要求。都不一樣，這要根據具體工廠的產品品種來定。(2)為保證潔凈室必要的空氣潔凈度，所有參與潔凈室凈化工程設計的專業設計都應采取適當可靠的技術措施，減少或防止室內粉塵的產生和微生物的生長，減少或防止將顆粒微生物或可能造成交叉污染的物質帶入潔凈室凈化工程，并有效排出室內顆粒微生物，以減少或防止其滯留在潔凈室凈化工程中。當易碎生物或物料因塵粒而交叉污染會危及產品降雨或人身安全時，還應采取安全可靠的技術措施防止交叉污染，如嚴格控制不同潔凈室凈化工程之間的靜壓差、合理劃分凈化空調系統、按要求合理設計回風系統等。(3)潔凈室設計是多學科設計技術的綜合，

(4)潔凈室設計應保證安全生產并符合環保要求。潔凈室及其設施的設計必須符合消防和防火要求，并應按國家有關標準和規范進行設計。由于潔凈室凈化工程中平面和空間的特殊性，如曲折的走廊等。在進行各種技術設施的系統設計、設備配置和材料選擇時，應特別注意按規定選擇符合要求的系統、設備配置和材料。